You can wrap the script manually by putting the show region code around it like:
<script type="text/javascript">
var sprytooltip1 = new Spry.Widget.Tooltip("sprytooltip1", "#sprytrigger1");
var sprytooltip2 = new Spry.Widget.Tooltip("sprytooltip2", "#sprytrigger2");
<?php if(WA_Auth_RulePasses("Admin")){ // Begin Show Region ?>
var sprytooltip3 = new Spry.Widget.Tooltip("sprytooltip3", "#sprytrigger3");
<?php } // End Show Region ?>
</script>